Отправной точкой в истории монастыря принято считать 1619 г., когда митрополиту Киевскому Исаие Копинскому было доверено основать близ Лубен монастырь. В те времена Мгарский лес был местом, отдаленным от мирской суеты, да, и по сей день все здесь внушает спокойствие и умиротворение: мерное течение Сулы, ее крутые берега, залитые солнцем луга и тенистые лесные чащи.
 
Первые здания монастыря сооружались из дерева, потому до наших дней не сохранились. Позднее сооружения монастырского комплекса строились из камня. Архитектурный ансамбль монастыря в разное время пополнили Преображенский собор, домики келий, дом игумена, гостиница, «Теплая» Благовещенская церковь и колокольня. Все здания настолько гармонично вписаны в своеобразный рельеф, что, создается впечатление восхитительной гармонии природы и архитектуры. Помнят мгарские стены многое и события давно минувших лет и лица людей, бывавших здесь. Многие выдающиеся личности минувших столетий посещали Мгар: цари, гетманы, литераторы, не говоря уже о православном духовенстве. Императрица Елизавета пожертвовала монастырю 2000 рублей – огромные деньги на те времена! В росписи стен мгарских храмов активное участие принимал украинский художник Иван Максимович (уроженец г. Пырятина). В некоторых интерьерах сохранились останки масляной живописи. В 1663 году во мгарской обители находился Юрий Хмельницкий, он же монах Гедеон. Известно, что в середине 18 ст. архимандритом монастыря во Мгаре был писатель Горленко, в монашестве – Иосаф, просветительский и церковный деятель той эпохи. Мгарский монастырь посещали такие известные личности, как Петр Первый, Тарас Шевченко, Александр Пушкин. В конце 18 ст. игуменом монастыря был Мельхиседек - идейный вдохновитель Колиивщины. На территории Мгара обрели вечный покой Константинопольский патриарх Серафим Анин (в 1799 г.), Киевский митрополит Иосиф Нелюбович-Тукальский (в 1676 г.), архиепископ Тобольский Амвросий Келембет (в 1826 г.) и Полтавский, а затем Псковский Мефодий Писнячевский.
 
Хорошо известен в миру мгарский чудотворец - «Афанасий Сидячий», его необычайная целительная сила привлекала в монастырь великое множество верующих. Родился святитель на острове Крит в благородной обеспеченной семье. Получил хорошее образование, однако, несмотря на благосостояние и знатность, оизбрал для себя стезю служения Богу.
Это был нелегкий тернистый путь: от простого послушника до Царьградского Патриарха, от земель греческих до Балтики, от отеческого дома к святым местам. Последним пристанищем Афанасия стал Мгарский монастырь, здесь его душа, наконец, обрела покой и отошла к Богу. Святителя похоронили в каменном склепе Преображенского собора в патриарших одеждах и в сидячем положении, согласно восточному обычаю, именно поэтому он получил в народе прозвище «Сидячий». По прошествии нескольких лет при вскрытии склепа было обнаружено, что мощи чудотворца оказались нетленными, лишь на правой руке не было 2 или 3 пальцев. С огромным благоговением и почестями мощи были перенесены в храм, а Афанасий  III Пателарий был причислен к лику святых. Чудотворная икона с изображением мгарского святого и по сей день является священной реликвией монастыря. Ныне мощи святителя Афанасия покоятся в Харьковском Благовещенском кафедральном соборе. Каждый четверг около усыпальницы проводится вечернее богослужение.  Святые мощи Мгарского чудотворца были перевезены в Харьков в 1922 г.

Эпоха социализма была тяжелой вехой в истории монастыря. В 1917 г. вооруженные революционеры, ворвались в обитель и в ярости расстреляли монахов и игумена Амвросия. Два года спустя красноармейцы снова учинили кровопролитную расправу над монахами Мгара. Так началось варварское время, время уничтожения памятников духовной культуры и гонений на Церковь. Хаос и беспредел воцарились в некогда процветающей обители. Новые хозяева то организовывали здесь детскую колонию, то оружейный склад, умудрились даже создать тут пионерский лагерь.  

Лишь в 1993 году монастырь был возращен Православной Церкви.  Из великолепного архитектурного ансамбля до наших дней сохранились: Преображенский собор, колокольня, Благовещенская церковь, руины настоятельского корпуса, келейный корпус ХVIII века, скитская церковь свт. Афанасия и часть ограды. Особого внимания достойны мгарские пещеры,  прорытые еще в XI веке и простирающиеся вплоть до Лубенского холма. Их стены сохранили надписи, сделанные еще преподобными отцами.