8 грудня 2009 р. у Приміщенні Київської Патріархії УАПЦ під головуванням Блаженнішого Митрополита МЕФОДІЯ відбувся черговий Архієрейський Собор. У роботі Собору взяли участь десять з дванадцяти єрархів УАПЦ, а саме: Блаженніший МЕФОДІЙ, Митрополит Київський і всієї України, Предстоятель  УАПЦ; Високопреосвященніший АНДРІЙ, Митрополит  Галицький, Керуючий  Івано-Франківською Єпархією; Високопреосвященніший РОМАН, Митрополит Вінницький і Брацлавський; Високопреосвященніший МАКАРІЙ, Архиєпископ Львівський, керуючий Рівненською, Волинською та Таврійською  Єпархіями; Високопреосвященніший ФЕОДОСІЙ, Архиєпископ Дрогобицький і Самбірський; Преосвященніший ІЛАРІОН, Єпископ Черкаський і Кіровоградський; Преосвященний МИХАЇЛ, Єпископ Фастівський, вікарій Київської єпархії; Преосвященніший ВОЛОДИМИР, Єпископ Житомирський і Полісcький; Преосвященніший АФАНАСІЙ, Єпископ Харківський і Полтавський та Преосвященніший ГЕРМАН, Єпископ Чернівецький і Хотинський. Відсутні з поважних причин Високопреосвященніший ІОАН, Архиєпископ Уманський, та Високопреосвященніший ПЕТРО, Архиєпископ Кафський і Готський, Екзарх Західної Европи засвідчили свою згоду з рішеннями Собору.

Предметом розгляду Собору стало внутрішнє життя УАПЦ, а також сучасна церковно-конфесійна ситуація в Україні. На пропозицію Предстоятеля УАПЦ Блаженнішого Митрополита МЕФОДІЯ Собор прийняв Заяву "Між'юрисдикційний діалог як шлях побудови єдиної Помісної Православної Церкви", де міститься концептуальне бачення священноначалієм УАПЦ сучасної церковної ситуації. Як зазначається у Заяві, "єдиним шляхом для відновлення церковної єдності є впровадження повноформатного діалогу усіх гілок Українського Православ'я (УАПЦ, УПЦ, УПЦ КП) з метою пошуку шляхів відновлення церковної єдності".

У зв'язку з цим єпископат УАПЦ прийняв два рішення, що стосуються переговорного процесу з іншими православними юрисдикціями в Україні. А саме: активізувати переговорний процес з УПЦ (МП) та почати переговори з УПЦ КП, для чого Архієрейським Собором УАПЦ було сформовано спеціальну комісію. Втім, початок переговорів з УПЦ КП обумовлено вимогою до керівництва Київського Патріархату відмовитися від практики насильницького захоплення храмів УАПЦ.

"На  своїх попередніх Соборах, - йдеться у Заяві, - єпископат Української Автокефальної Православної Церкви вже розглядав проблему канонічного статусу патріарха Філарета (Денисенка) та прийшов до висновку про недоцільність встановлення сьогодні евхаристійного спілкування з єпископатом УПЦ КП, доки УПЦ КП очолюватиме її нинішній глава.  Водночас,  ми вважаємо корисним відновити переговори між Українською Автокефальною Православною Церквою та УПЦ КП. Вважаємо, що за сучасних умов у переговорному процесі особисте питання Філарета може бути винесено за дужки, оскільки з часом дане питання може втратити свою актуальність. З огляду на це, ми позитивно розцінюємо ініціативи кліриків нашої Церкви, які скеровано на встановлення братських стосунків із кліром УПЦ КП, але закликаємо священство Української Автокефальної Православної Церкви до вірності канонічним та еклезіологічним засадам Православ'я, на які орієнтується у своєму церковному будівництві єпископат нашої Церкви.  Відновлення діалогу між Українською Автокефальною Православною Церквою та УПЦ КП на рівні уповноважених комісій, на нашу думку, стане можливим одразу ж після припинення практики насильницького захоплення храмів нашої Церкви представниками УПЦ КП з ініціативи єрархів цієї юрисдикції та сприяння місцевої влади".

Окрему увагу єпископат УАПЦ приділив значенню Вселенського Патріархату для життя сучасної Православної Церкви та Українського Православ'я.  Як вважають єрархи УАПЦ, саме Константинопольська Церква, яка є Церквою-Матір'ю для давньої Київської Митрополії, має відіграти ключову роль у між'юрисдикційному діалозі та становленні єдиної Помісної Церкви.

"Єпископат Української Автокефальної Православної Церкви, - йдеться у згаданій Заяві, - закликає єпископат УПЦ КП та УПЦ (МП) до більшої відкритості та більш системної співпраці з представниками Вселенського Патріархату, який є Церквою-Матір'ю давньої Київської Митрополії, і який внаслідок своєї незадіяності в наявному конфлікті є вільним від політичної мотивації у своїх діях.  Ми  засуджуємо невиправдану та політизовану критику великої Церкви Константинополя та Його Всесвятості Всесвятішого Патріарха Варфоломія з боку окремих представників УПЦ КП та УПЦ. На нашу думку, така критика є неконструктивною та свідчить про неповноцінність еклезіологічної та канонічної свідомості ієрархів, які до неї вдаються. Ми  знову нагадуємо своїм співбратам-архієреям з УПЦ КП та УПЦ (МП), що Вселенський Патріарх є не лише головою однієї з Помісних Православних Церков, але й ієрархом, який має першість честі та ряд виняткових повноважень у православному світі, зокрема він є вищою апеляційною інстанцією, в якій мають розглядатися суперечки, що виникли між єпископами в Україні (див. правила 3 та 4 Помісного Собору Сардикійського (344))".

На прохання Високопреосвященнішого АНДРІЯ, митрополита Галицького було прийнято рішення щодо відродження відомого з XIII століття Свято-Михайлівського чоловічого монастиря в с. Підмихайля, Калуського району, Івано-Франківської області.

На пропозицію Предстоятеля УАПЦ Блаженнішого Митрополита МЕФОДІЯ Архиєрейський Собор УАПЦ прийняв рішення сприяти заснуванню міжконфесійного Науково-Богословського Інституту св. ап. Андрія Первозванного у місті Києві, на базі якого могли би співпрацювати фахівці різних юрисдикцій та Українських Церков".