С точки зрения Русской православной церкви Абхазия (как и Южная Осетия) относится к канонической территории Грузинской православной церкви, и до самого последнего времени Московский патриархат не собирался оспаривать этих прав. Несколько лет назад югоосетинская епархия стала частью греческой старостильной православной церкви митрополита Киприана.

Христиане Южной Осетии просят президента России Дмитрия Медведева защитить их от «духовного истребления». По мнению верующих республики, глава отдела внешних церковных связей Московского Патриархата, архиепископ Волоколамский Илларион неуважительно отозвался об Аланской епархии, назвав ее «раскольнической группой».

Поскольку московская церковь не отказалась и от красного прошлого, а наподобие Кремля скорее придерживалась роли правопреемника, на тамошних деятелей так и будет лежать тень подозрений в давних связях. И они вынуждают посмотреть на деятельность Кирилла совершенно иным взглядом. 

«Мы признаем каноническую целостность Грузинской православной церкви и считаем в церковном отношении Абхазию и Южную Осетию входящими в состав Грузинской церкви», - подтвердил владыка Волоколамский Иларион позицию Русской церкви.

"Заявление духовных лиц Абхазии - несерьезное заявление. Ни у кого нет права объявлять независимость, кроме Матери-церкви", - заявил по поводу отделения Абхазской православной церкви от Грузии глава Грузинской православной церкви, Католикос-Патриарх всея Грузии Илиа Второй.

«Сегодня абхазская церковь официально отделилась от грузинской церкви, восстановив тем самым историческую справедливость. После окончания грузино-абхазской войны мы (православные священники Абхазии) неоднократно заявляли о себе и обращались во все высшие православные инстанции, но все они молчали, поскольку не хотели портить отношения с грузинской епархией»