У травні 1946 р. за ініціативи архієпископа Єлевферія (Воронцова) на території Чехословаччини було створено екзархат в складі Московського патріархату. Тоді цей факт, виходячи із політичних реалій, Сербська Православна Церква сприйняла . Через два роки Синод Сербської Церкви прийняв рішення про можливість скерування православних чехів в юрисдикцію Московського патріархату.

Зміцненню позицій православ'я у Чехословаччині сприяла й рееміграція волинських чехів у 1946-47 рр., на чому наголошував у своїй доповіді в представництві Руської Православної Церкви при європейських міжнародних організаціях 11 листопада 2004 р. архиєпископ Празький і Чеських земель, а тепер Предстоятель Церкви, Христофор .

Більшість із них осіла в західній частині республіки, звідки були виселені німці. Так, великі села, населені волинськими чехами, стали парафіями Чехословацького екзархату. Іншим джерелом, яке зміцнило і розширило Екзархат, стали словацькі греко-католики. Адже в 1950 р. Собор греко-католицького духовенства і мирян, який відбувся в Пряшеві, прийняв рішення про ліквідацію Ужгородської унії 1649 р. Унаслідок більша частина віруючих повернулася до Православ'я, а решта склала підпільну Церкву. Велику групу православних склали конвертити. Так називали тих, хто до переходу в Православ'я були невіруючими або належали до інших конфесій.

Таким чином, на середину 1950 р. Чехословацький екзархат включав в себе 4 єпархії. Дві з них були на території Чехії (Празька і Оломоуцько-Брненська), а дві в Словаччині (Пряшівська і Михайлівська).

Для підготовки священнослужителів і працівників церковних установ у 1950 р. в Празі був відкритий Православний Богословський факультет з 6 відділів. Наступного року його перевели до Пряшева в приміщення колишньої греко-католицької семінарії. У перший же рік своєї діяльності цей навчальний заклад прийняв 140 студентів.

За таких умов 8 грудня 1951 року на прохання Екзаршої Ради Руська Православна Церква надала Чехословацькому екзархатові автокефалію . Правочинність цього акту Константинопольський патріархат та інші (крім Антиохійської) Церкви грецької традиції не визнали. Це було пов'язано з тим, що ще 4 березня 1923 р. Вселенський патріарх Мелетій рукоположив керівника однієї з православних громад Чехії архімандрита Савватія (Врабеця) в єпископи і призначив його «Архієпископом Празьким і всієї Чехословачини» . Відтоді Константинопольський патріархат розглядав Чехословацьку Церкву, як свою автономію і тому не визнав наданої Московським патріархатом автокефалії.

Священний Синод нової Помісної Церкви склали 4 єпархіальні архієреї. Його очолив предстоятель Церкви. Цей вищий церковний орган вирішував канонічні, дисциплінарні, місіонерські, освітньо-катехизичні і адміністративні питання. Виконавчим органом стала Митрополича рада, яка складалася з архієреїв, духовенства, парафіян. Рада займалася економічними питаннями (управління церковним майном), освітою духовенства (організація семінарів і лекцій), видавничою і місіонерською діяльністю. Кожна єпархія мала свою Єпархіальну раду, яка складалася з духовенства, і мирян, і очолювалася єпархіальним архієреєм. Вона займалася церковними, судовими і адміністративними питаннями в межах єпархії. Подібним чином діяли і діють парафіяльні ради, очолювані настоятелями. Парафії одного району об'єднувалися в церковно-парафіяльний округ, який очолював протопресвітер.

Треба відзначити, що проблема кандидатів на єпископські кафедри залишалася для нової Помісної Церкви актуальною впродовж усіх 50 років її самостійного буття. Першим Предстоятелем Церкви став архієпископ Єлевферій (Воронцов), спеціально відпущений для цього з юрисдикції РПЦ. Митрополит, як відзначив голова Державного кабінету у справах Церкви ЧССР, З. Фірлінгер, був «досить вдалою кандидатурою, який досі добре виконував свої функції» . У 1956 р. Церкву очолив митрополит Іоан (Кухтін). За походженням він був росіянином, який з 1920 р. проживав в еміграції. В 1964 р. Предстоятелем обрано митрополита Дорофея (Филипа), який народився на Закарпатті і до 1955 р. був кліриком Мукачівської єпархії Українського екзархату РПЦ. Всі предстоятелі Чехо-Словацької Церкви — випускники Духовних шкіл Руської Православної Церкви. Митрополити Єлевферій і Николай – випускники Московської Духовної Академії, Іоан – Новочеркаської Духовної Семінарії, Дорофей – Ленінградської Духовної Академії. Сьогоднішній Предстоятель Блаженнійший митрополит Христофор закінчив МДА .

Після Празької весни 1968 р. урядовим декретом 70/68 було відновлено діяльність греко-католицької Церкви, і держава взяла на себе завдання заново вирішити питання про відносини православних і греко-католиків. Проте чітких орієнтирів для цього уряд не мав, і тому його зусилля призводили до хаосу на місцях. У результаті Православна Церква втратила можливість вести богослужіння в більш, ніж половині своїх церковних громад.

Майнові питання з новою гостротою встали після падіння тоталітарного режиму. Відповідно до наказу 211/90 від 29 травня 1990 р. майно, яке перейшло до Православної Церкви в 1950 р., мало бути повернуто греко-католикам . Зробити це було непросто через різні обставини. Врешті-решт погодили, що за кожен відданий греко-католикам храм, держава відшкодовувала православним 1 200 000 крон.

Після падіння комуністичної системи в кінці 1992 року стало очевидним, що Чехословацька Федеративна Республіка розпадеться на дві незалежні держави (що і сталося 1 січня 1993 року).

Помісний Собор ЧСПЦ, який проходив 11-12 грудня 1992 р. в Пряшеві, висловився за збереження єдності Автокефальної Церкви, яка поширює свою юрисдикцію на Чехію і Словаччину. Відповідно до нової політичної ситуації було прийнято рішення змінити офіційну назву Церкви. На цей раз вона почала називатися Православною Церквою Чеських земель і Словаччини. Було прийнято новий Статут, згідно якого єдина Митрополича рада була розділена на два самостійних органи – Митрополичу раду Чеських земель в Празі і Митрополичу раду Словаччини в Пряшеві. Предстоятелем може бути обраний як Архієпископ Празький так і Архієпископ Пряшівський. Єдиними для всієї Церкви залишились Священний Синод і Помісний Собор. Делегати собору прийняли звернення до духовенства і мирян, в якому говорилось: «З цього часу чеські і словацькі православні християни будуть самостійно вирішувати свої внутрішні питання. Разом з тим залишилась догматична, канонічна і євхаристійна єдність обох самостійних держав, як вияв взаємної братньої любові у Христі» .

Згідно з новим Статутом Церква була наділена правом мати раніше заборонені церковні установи: монастирі, церковно-парафіяльні школи, благодійні заклади, церковні молодіжні організації.

У 1992 р. до сонму святих дуло причислено св. князя моравського Ростислава, ініціатора Кирило-Мефодієвської місії.

За офіційними даними на час проголошення автокефалії у 1951р. в Чехословаччині було 300 тис. православних, а у 1991 р. – 90 тис. Це пояснюється тим, що з відновленням у 1968 р. Греко–Католицької Церкви більшість греко-католиків, які в 1950 р. перейшли у православ'я, знову повернулися назад .

За переписом населення 1990-91-х років у Чехословачині було 53 тисячі православних, а перепис 2000-01 року подає 73 416 православних ( 50 363 в Словаччині і 23 053 в Чехії) .

Згідно з переписом населення 2000-01 року в Чехії Православна Церква, займала 4 місце за кількістю вірних. Із всіх традиційних Церков (католики, євангелісти, гусити) Православна Церква вважається Церквою з невеликим зростанням своїх вірних. Висновок робили на основі двох переписів населення:

Головною причиною зростання є іміграція із країн колишнього радянського табору. Цей приплив офіційна статистика не відображає. За неофіційними даними, на територій Чехії, нелегально працює 100 тис. громадян України, перш за все із Закарпаття, а також громадяни переважно православних держав – Росії, Білорусі, Молдавії, Румунії, Сербії. Різноманітність православного населення відбивається і на церковному житті. В Чехії мирно співіснують три церковні стилі: старий (юліанський), новий (із західною пасхалією) і комбінований (новий стиль із православною пасхалією). Приналежність до того чи іншого календаря залежить від тієї чи іншої парафії. Подібна ситуація і з богослужбовою мовою. Хоч з 1920-х років завдяки св. єпископу Горазду існує переклад основних богослужбових текстів на чеську мову. Багато парафій послуговуютья церковно-словянською мовою, як з українською так і з російською вимовою .

Так наприклад, із усіх столичних православних храмів тільки в кафедральному соборі богослужіння проводиться переважно чеською мовою і дотримуються комбінованого стилю. В інших храмах проводиться богослужіння церковно-слов'янською мовою з дотриманням юліанського календаря.

Хоч Православна Церква Чехії відділена від держави в 1918 році, священнослужителі отримують певну державну платню .

27 серпня 1988 р. на прохання Блаженнійшого митрополита Дорофея від 4 липня Константинопольський патріарх Варфоломієм видав «Патріарший і синодальний Томос про дарування автокефалії Святій Православній Церкві Чеських земель і Словаччини». Виходячи з тексту Томосу, можна сказати, що Константинопольська патріархія розуміє факт його видання як дарування автономній Церкві статусу автокефалії. При цьому Православна Церква Чеських земель і Словаччини вважається «такою, що завжди перебувала в рамках юрисдикції Вселенської кафедри і її синодальних рішень» . Автори Томосу згадали про місію св. Кирила і Мефодія, але не врахували подальшу історію християнства на Чеських землях. Томос замовчує всю історію Чеської Церкви від св. Мефодія до Архієпископа Савватія (1923 р.). Не згадується і св. священномученик Горазд і його праця для відродження чеського православ'я.

Описання в Томосі організаційного устрою Православної Церкви Чеських земель і Словаччини не відповідає Статуту, прийнятому на Пряшівському Соборі 1992 р. Офіційний титул Предстоятеля – «Архієпископ Празький і всієї Чехії і Словаччини» (пункт А). Пряшівський, Михайлівський, Оломуцько-Брненський єпархіальні архієреї возводяться в митрополити. Митрополит Пряшівський іменується «Екзархом Словаччини» (пункт А). «Блаженнійшому архієпископу Празькому і всієї Чехії і Словаччини належало право носити білий клобук з хрестом, прикрашений дорогоцінним камінням (пункт F). Синодальний суд належить «ієрархам виключно з юрисдикції Матері Церкви» (пункт Д). Святе Миро Церква в Чехії і Словаччині бере від Вселенського Патріархату (пункт G) .

Проте в практиці жодна з цих вимог не виконується. Церква продовжує керуватися у своєму внутрішньому житті приписами Статуту 1992 року і традиціями, які склалися в останні десятиліття. Томос Константинопольського патріархату священнослужителями і богословами Церкви розуміється, як визнання Церквами грецької традиції уже фактично існуючої автокефалії і відновлення добрих відносин з Константинополем.

ІХ Помісний Собор Православної Церкви в Чеських землях і Словаччині, який проходив з 15 по 17 жовтня 1999 року, підвів підсумки діяльності Церкви за 10 років. На сьогоднішній день Церква налічує 4 єпархії, більше 73 тисяч вірних і 165 парафій (98 в Чехії і 67 – в Словаччині). Є понад 200 священників і дияконів. За церковною статистикою Церква опікується 150 тисячами вірних, в основному вихідців з країн СНД.

Рішенням Священного Синоду створені благодійні організації, які допомагають людям. Православна молодь бере участь у Всесвітньому союзі молоді «Сіндесмос», видає молодіжний журнал «Істина», створює табори відпочинку для дітей.

Видавничий відділ Митрополичої Ради Словаччини видає щомісячний журнал «Спадщина святих Кирила і Мефодія», а Чеська Митрополича Рада – журнал «Голос Православ'я».

Духовну і богословську освіту православні Чехії і Словаччини здобувають в Пряшівському богословському факультеті, який готує бакалаврів і магістрів за спеціальностями: православне богослов'я, викладання основ релігії і етики, соціальне служіння.

При факультеті працює семінарія, яка формує і виховує майбутніх священників. Богословський факультет має філіали в Оломоуці. Освітньою діяльністю займаються неполітичні громадські організації: Православна Академія в Вілемові (Чехія) і Православна Академія в Міхайловце (Словаччина). Церква веде виховну діяльність у школі, армії та в'язницях, актвно включається у процес духовного відродження суспільства.

Православ'я в останні роки привертає увагу віруючих інших конфесій. В середовищі католиків і протестантів появляється зацікавлення східною духовністю .

Таким чином, в новітній історії Православ'я в Чеських землях і Словаччині відобразились майже усі проблеми взаємовідносин між Православними Церквами в ХХ ст. Юрисдикційні суперечки 20-х років ХХ ст. в Чехословаччині залишаються актуальними і сьогодні, про що свідчить Томос 1998 року. Він ще раз нагадує про необхідність загально-церковного, всеправославного розв'язання питання про механізми надання автокефалії. Адже сьогодні кожна Помісна Церква має своє розуміння в цьому важливому питанні. А це призводить до серйозних непорозумінь і конфліктів у Вселенському Православ'ї. Це ми бачимо на прикладі Польської, Американської, Македонської і Естонської Церков. Сьогодні досить складною є ситуація в українському Православ'ї. Воно розділене, а значить розділене українське суспільство. А розділення суспільства за релігійним принципом є досить небезпечним. Діяльність архіпастирів Українських Православних Церков, у тім числі і Блаженнійшого митрополита Володимира, спрямована на подолання цього розділення. Подібне пережили православні чехи і словаки. Вивчення їх досвіду, а перш за все в отриманні автокефального статусу своєї Церкви, дослідження і серйозне осмислення історичного шляху чеського і словацького Православ'я може стати одним із шляхів розв'язання цього непростого питання в українському Православ'ї.

[21] Беседа с Предстоятелем Православной Церкви в Чешских землях и Словакии // ЖМП. №8. 2007. [Електронний ресурс] - Режим доступу: http://www.srcc.msu.su/bib_roc/ jmp/07/08-07/08.htm